قالت مصادر حكومية ان الوزير عاطف حلمى دخل فى خلافات مع جهات عديدة منها هيئة مستشارى مجلس الوزراء وجهاز حماية المستهلك وجهاز حماية المنافسة والجهاز المركزى للمحاسبات بل امتدت تلك الخلافات الى بعض الوزراء ومسئولين بالشركة المصرية للاتصالات .و بدأ «حلمى »رحلة الخلافات في وزارة الاتصالات بخلافات مع الجهاز المركزي للمحاسبات عند قيام الجهاز القومي لتنظيم الاتصالات بنشر بيان صحفي مؤكداً على ان كافة المعلومات التي يفصح عنها الجهاز المركزي للمحاسبات غير صحيحة وان الجهاز القومي لتنظيم الاتصالات بصدد دراسة مدي قانونيه قيام الجهاز المركزي للمحاسبات بالإفصاح عما لديه من معلومات عن الجهاز حيث اعلن الجهاز المركزى للمحاسبات ان اعضاء مجلس ادارة الجهاز القومى لتنظيم الاتصالات يتقاضون رواتب ومكافات سنوية تتجاوز ال15 مليون جنيه وبالفعل اثارت هذه الميزانية جدلا كبيرا عند مناقشتها بمجلس الشعب فى تلك الفترة . وتابعت المصادر :لم تقف الخلافات عند هذا الحد، بل انه عند قيام رئيس هيئة مستشاري مجلس الوزراء بارسال مذكرة ببعض الملاحظات القانونية المتعلقة بأداء وزارة الاتصالات والجهاز القومي لتنظيم الاتصالات، قام الوزير بتصعيد الموقف لرئيس الوزراء مؤكداً على ان رئيس هيئة مستشاري مجلس الوزراء «قد جانبه الصواب والحكمة والفهم الصحيح للواقع والقانون» في العديد من الوقائع التي تناول فيها قطاع الاتصالات، بل أشار الوزير الى أن ملاحظات رئيس هيئة مستشاري مجلس الوزراء بها الكثير من التجني علي شخصه وتحمل العديد من العبارات والمعاني الغير صحيحة بالمرة وقلب للحقائق وخلط فى الوقائع وتقصير فى عرض الموقف القانونى الصحيح مطالباً اتخاذ إجراء معه . واشارت المصادر الى ان الوزير قام بتقديم شكوى لرئيس الوزراء في جهاز حماية المنافسة ومنع الممارسات الاحتكارية بقيادة الدكتورة منى الجرف رئيسة الجهاز حيث اتهمه حلمي بالتعدى على اختصاصات جهاز تنظيم الاتصالات وعدم المامه بالنواحى الفنية للاتصالات بما يضر بقطاع الاتصالات مطالباً رئيس الوزراء بوقف ممارسات جهاز حماية المنافسة وامتدت الخلافات لتصل الى أعضاء الحكومة الحالية، حيث نشب خلاف بين «حلمي »وبين أحد الوزراء، بعد أن طالب «حلمى»ضم بعض القطاعات التابعة لذلك الوزير، وذلك دون التشاور او مناقشة الامر فيما بينهم، وهو ما اعتبره ذلك الوزير تعدى غير مبرر على اختصاصاته . وعلى صعيد الرخصة الموحدة، استمرت كافة شركات القطاع الخاص بمهاجمة سياسة الوزير ولم يوفق «حلمي»-حسب المصادر- في الوصول لصيغة اتفاق مع تلك الشركات بل وصعدت تلك الشركات حدة الخلاف وقررت الشركات الانسحاب من مناقصة الإنترنت فائق السرعة مما أدى الى افشالها وافشال المشروع الذي تبنته وزارة الاتصالات، موجهة رسالة قوية مفادها رفضها لسياسة حلمي في إدارة قطاع الاتصالات . وتابعت المصادر ان الخلافات طالت الشركة المصرية للاتصالات المملوكة للحكومة، حيث اشارت العديد من المصادر الى أن وزير الاتصالات دخل فى خلاف شديد مع الرئيس التنفيذى للشركة المصرية للاتصالات حيث رفض الأخير مقترحًا من الوزير بأن يعلن مجلس إدارة الشركة المصرية للاتصالات أنه غير مستعد للحصول على الرخصة حاليًا وأن الشركة بحاجة لتشكيل لجنة لدراسة الرخصة وفوائدها للشركة المصرية للاتصالات في محاولة من الوزير لتفادى الضغوط المتواصلة من الشركات العالمية، وهو ما رفضته« المصرية للاتصالات»