نفى  المجلس الأعلى للآثار ماتم تداوله بشأن شطب حديقة الأسماك من عداد الآثار الإسلامية و القبطية واليهودية،  مؤكدًا أنه لم و لن يقوم  بشطب أي أثر من عداد الآثار المصرية القديمة أو الإسلامية أو القبطية أو اليهودية، فإن مهمة المجلس، وفقا لقانون حماية الآثار وتعديلاته، هو الحماية و الحفاظ على الآثار المصرية الفريدة التي هي ملكا للبشرية. 
وأوضح  المجلس الأعلى للآثار أن ما تم عرضه على اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية واليهودية هو مناقشة شطب مساحة صغيرة فقط من حديقة الأسماك لا يوجد بها أية مباني مسجلة في عداد الآثار، لافتًا إلى  أن اللجنة الدائمة هي اللجنة المعنية بهذا الشأن وفقا للقانون.  
وأكد  المجلس أن موضوع دراسة شطب المساحة تم عرضه باللجان الفنية، ولم يتم عرضه على مجلس إدارة المجلس الأعلى للآثار، وهو الجهة المعنية باتخاذ قرارات تسجيل أو شطب الآثار وفقا لقانون الاثار، وأن المجلس الأعلى للآثار لن يسمح بأي نشاط يضر بالبيئة الأثرية بالحديقة وبكافة المواقع المسجلة على مستوى الجمهورية. 
وتجدر الاشارة إلى  أنه تقرر، ولأول مرة خلال اجتماع المجلس الأعلى للتخطيط والتنمية العمرانية في جلسته الأخيرة الأسبوع الماضي برئاسة رئيس مجلس الوزراء، عرض كافة مقترحات أعمال تطوير الحدائق التراثية أو ذات الطابع المعماري المميز أو التاريخية أو الأثرية على مستوى الجمهورية، على المجلس الأعلى للتخطيط والتنمية العمرانية، قبل تنفيذ أي أعمال تطوير، حتى بعد موافقات كافة الجهات المعنية بالدولة، و ذلك نظرًا لأهمية هذه الحدائق و لضمان الحفاظ على هذا الكنز الفريد على مستوى الجمهورية، ولضمان الحفاظ على طبيعتها التراثية والتاريخية أو الأثرية والتأكد على عدم السماح بأي تهديد لهذه الحدائق أو عدم احترام مقترحات التطوير لبيئتها التراثية أو الأثرية لما تمثله من فترات مهمة من ذاكرة وتاريخ مصر.