قال الشيخ على جمعة، مفتى الديار المصري السابق، إن منهج الازهر قائم على العلم، والتعددية جزء تفكير الازهرى، مشيرا إلي أن الازهر منهج مستنير يتجاوز الزمن والمكان، موضحا أن الازهر مؤسسة عميقة للعلم، مضيفا: "اللى ييجى على الازهر مايكسبتش". وأكد جمعة،- خلال حواره ببرنامج "بهدوء" مع الاعلامى عماد الدين أديب، على قناة "CBC"، أن مؤسسة الازهر لا تعرف الكذب والعمل السرى الذى يعرفه اخرون،  رافضا المقارنة بين الامام الاكبر للازهر والمرشد العام لجامعة للاخوان الملسمين. واستنكر مفتى الجمهورية السابق ممارسات طلاب الإخوان بجامعة، مضيفا أن المتورطون فى أحداث العنف لا يتعدون 1% من طلاب الازهر، لافتا إلي أن كيان الجماعة أضر بالاسلام، ولذلك يجب المناقشة والحوار مع شباب الاخوان لاثنائهم عن الطريق الذي يمشون فيه، مطالبا شباب الإخوان اتباع الاسلام الحق وليس أراء قيادات الجماعة.، مضيفا أنه مستعد للحوار مع شباب الجماعة على أساس تربوى لتوضيح ما التبس عليهم من أمور الشرع. وأشار جمعة، ‘إلي أن الرئيس المعزول محمد مرسى فشل في إدارة البلد بشهادة الجميع، وإذا كان الاخوان يعتقدون ان الله من ولى مرسى فهو أيضا من افشله، مؤكدا أن جماعة الإخوان منذ بداية تأسيسها وهى كانت ترغب في السلطة، حيث أنه عرض على حسن البنا، مؤسس جماعة الإخوان حل الجماعة وممارسة الدعوة فقط، ولكنه رفض بدعوى ان النظام الخاص سيفجر مصر.