قدم موقع  health line  عن أضرار  شرب مياه الأمطار  لانها تخلط بالهواء قبل سقوطها على الأرض، وتأخذ معها الملوثات العالقة به، وهذا يعني أنها ليست صافية تمامًا، وبالطبع ويزداد الأمر سوءًا في المناطق الصناعية والملوثة بشكل كبير.
 
كما يعمل البعض على تخزين مياه الأمطار في حاويات واستخدامها فيما بعد، مما يعد خطيرا جدا، حيث تبين أن مياه الأمطار تحتوي على بكتيريا الإشريكية القولونية التي تسبب مشكلات بالجهاز الهضمي، من بينها القيء والإسهال.

وتحمل مياه الأمطار المواد الكيميائية والغبار والرمال العالقين في الهواء، لذلك لا ينصح بالتقاط مياه الأمطار المتساقطة على النباتات أو الجدران بالفم، لاحتوائها على مواد كيميائية سامة موجودة على هذه الأسطح.

بالإضافة إلى أنه أثبتت الدراسات، إن الغالبية العظمى من مياه الأمطار حمضية، ما يعني احتواؤها على حوالي 5.6 من الأس الهيدروجيني نتيجة التفاعل بين المياه وثاني أكسيد الكربون الموجود في الهواء، وعلى الرغم أن هذا لا يشكل خطر كبير، إلا أنه يتسبب في بعض المشاكل الصحية للعديد من الأشخاص .

من جانب آخر، إذا تواجدت في بعض الأماكن التي تجبرك على استخدام مياه الأمطار، وفي هذه الحالة لا بد من اتباع إرشادات السلامة لتحسين جودة هذه المياه، والتي تتلخص في غلي المياه جيدا لقتل الملوثات الموجودة بها، وتنقيتها باستخدام الفلتر لإزالة المواد الكيميائية والغبار وغيرها.