تشمل المرحلة الثانية من مبادرة الرئيس السيسى 100 مليون صحة للكشف عن فيروس سى والأمراض غير المعدية 11 محافظة؛ وهى "شمال سيناء، والبحر الأحمر، والقاهرة، والإسماعلية، والسويس، وكفر الشيخ، والمنوفية، وبنى سويف، وسوهاج، والأقصر، وأسوان". وتبدأ المرحلة الثانية من 1 ديسمبر 2018 وحتى 28 فبراير 2019، وتستمر 60 يومًا، فيما يستمر 25% من طاقة المرحلة الأولى فى العمل فى المحافظات الــ9، وهى  "الإسكندرية، والبحيرة، ومرسى مطروح، وبورسعيد، ودمياط، والقليوبية، وجنوب سيناء، والفيوم، وأسيوط".  وتجرى الكشوفات والفحوصات بالمجان للمرضى دون تحمل أى مصاريف أو رسوم، بالإضافة إلى أن عمليات صرف الدواء تتم أيضًا بالمجان.