أكد رئيس الوزراء بنيامين نتنياهو أن الاتفاق الذي ابرم بين السداسية وايران ليس "اتفاقاً تاريخياً بل خطأ تاريخي". وأضاف رئيس الوزراء  في مستهل جلسة مجلس الوزراء أن "الاتفاق يزيد كثيراً من خطورة الأوضاع لأن أخطر نظام في العالم خطا بفضل الاتفاق خطوة ملحوظة نحو الحصول على أخطر سلاح". وتابع نتنياهو قوله إن "الدول العظمى وافقت على تخصيب اليورانيوم في إيران متجاهلة العقوبات الدولية التي فرضتها فيما لم تقدِّم إيران من جانبها إلا تنازلات تجميلية يمكن التراجع عنها خلال أسابيع"، مؤكدا أن إسرائيل غير ملتزمة بالاتفاق وأنها لن تسمح لإيران بتطوير القدرات النووية. وكانت الحكومة الاسرائيلية نددت بعد ساعات من ابرام الاتفاق، حيث أصدر مكتب رئيس الوزراء بنيامين نتنياهو بياناً ندد فيه بإبرام "اتفاق سيئ" بشأن الملف النووي الايراني في جنيف، معتبراً أن طهران حصلت على "ما كانت تريده". وجاء في البيان "انه اتفاق سيئ يقدم لإيران ما كانت تريده وهو : رفع جزء من العقوبات والإبقاء على جزء أساسي من برنامجها النووي". وعبّر مكتب رئيس الوزراء عن أسفه لأن "الاتفاق يسمح لإيران بمواصلة تخصيب اليورانيوم، ويسمح ببقاء أجهزة الطرد المركزي كما يسمح بإنتاج مواد انشطارية". وتابع البيان أن "الاتفاق لم يؤد أيضاً إلى تفكيك محطة أراك"، المفاعل الذي يعمل بالمياه الثقيلة والواقع في شمال إيران، مضيفاً أن "الضغط الاقتصادي المفروض على إيران كان يمكن أن يُفضي إلى اتفاق أفضل من شأنه أن يؤدي إلى تفكيك القدرات النووية الإيرانية". ليبرمان: الاتفاق هو أكبر انتصار لايران من جانبه قال وزير الخارجية الإسرائيلي أفيغدور ليبرمان إنه يأسف لنجاح اتفاق جنيف، الذي وقع بين إيران ومجموعة (5+1) بشأن برنامج طهران النووي، معتبرا أنه يشكل "أكبر انتصار دبلوماسي لإيران"، مضيفا "هذا الاتفاق هو أكبر انتصار دبلوماسي لإيران التي نالت اعترافا بما يسمى حقها الشرعي بتخصيب اليورانيوم". وزير الاقتصاد: اسرائيل غير مقيدة بالاتفاق من جهته أكد وزير الاقتصاد نفتالي بينيت وهو عضو في مجلس الوزراء الاسرائيلي المصغر لإذاعة الجيش الاسرائيلي ان "إسرائيل لا ترى نفسها مقيدة بهذه الاتفاقية السيئة للغاية التي تم توقيعها". وقال بينيت زعيم حزب البيت اليهودي اليميني المتطرف القريب من لوبي المستوطنين إن "إسرائيل غير ملزمة باتفاق جنيف. إن ايران تهدد إسرائيل ومن حق إسرائيل الدفاع عن نفسها". وأضاف الوزير أن "الاتفاق يترك الآلة النووية الإيرانية كاملة ومن شأنه أن يسمح لإيران بإنتاج قنبلة".