أكدت وزارة الأوقاف، أن معاهد الجمعية الشرعية لإعداد الدعاة والقرآن الكريم، لا تعمل تحت مظلة الأزهر الشريف أو وزارة الأوقاف. وأضافت الوزارة : "حاولت الوزارة مد جسور التعاون والتفاهم، إلا أن الجمعية لا ترغب في توفيق أوضاعها الدعوية، ومازالت تدرس مناهج لا علاقة للأوقاف بها". وأوضحت الوزارة أنها طالبت الجمعية بموافاتها بأسماء العمداء والأساتذة من أبناء الأزهر الشريف الذين يتحلون بالفكر الوسطي ويتبنونه إلا أن الجمعية لم تقدم إلى الآن أي قوائم إلى وزارة الأوقاف. وأضافت الأوقاف :"أن بعض من يدرسون بمعاهد الجمعية من غير الأزهريين، وبعضهم يُدرّس في غير تخصصه، وبعضهم محسوب على تيارات متشددة أو لا يتبنى الفكر الوسطي الأزهري ، وهو ما ترفضه الوزارة". وشددت على أن الوزارة :"ستتخذ الإجراءات التي تراها مناسبة لضبط حركة الخطاب الديني سواء في المساجد أم المعاهد التي لا تقل تأثيرا عن المساجد، بل ربما يكون تأثيرها أشد ما لم يتوفر لها أساتذة متخصصين أكفاء يؤمنون بسماحة الإسلام ووسطية منهجه وفكره وسلوكه، ويؤثرون الوفاق المجتمعي والمصلحة العليا للوطن على أي مصالح خاصة". وأشارت الي أن الجمعية الشرعية وغيرها من الجمعيات التي لم تمد وزارة الأوقاف بقوائم خطبائها ومن يدرسون بمعاهدها بأن أي جمعية لا تقوم بتقنين أوضاعها الدعوية فإن وزارة الأوقاف لن تقف مكتوفة الأيدي في ظل هذه الظروف الصعبة الراهنة التي تحتاج منا جميعا التعاون في مواجهة أي فكر متشدد. وتمتلك الجمعية الشرعية 39 معهدا للإعداد الدعاة في مختلف محافظات الجمهورية اغلبها في القاهرة الكبرى والوجه البحري.